Graph Representation Learning for Drug Discovery

发现一种可以治愈人类某种疾病的新药,特别是要将这款新药推向市场,是一个漫长且昂贵的过程,估计需要 10 年以上的时间,平均耗费为 25 亿美元。最近几十年以来,科学家们一直在寻求通过现代计算技术来辅助新药发现的过程, 特别是人工智能和深度学习在这个领域得到了越来越多的关注。本报告汇报了我们在新药发现领域的两个工作:(1)我们提出了一个基于自回归流模型的分子图生成模型 GraphAF。实验结果表明,GraphAF可以生成真实、新颖、独特且多样的分子,而且所有生成的分子在化学意义上都 是合理的,在分子性质优化任务上也取得了最好的效果。(2)我们提出了可以预测分子逆合成路线的模型G2Gs。G2Gs不依赖任何反应模版并且也不依赖子图同构。它通过一系列图变换,将产物分子转换(或称为翻译)到反应物分子。实验结果表明,G2Gs的性能远优于不依赖反应模版的方法,它的性能与基于模版的方法相近,但是它不依赖领域知识和子图同构,且具有更好的可扩展性。

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Graph Representation Learning for Drug Discovery课程简介:

发现一种可以治愈人类某种疾病的新药,特别是要将这款新药推向市场,是一个漫长且昂贵的过程,估计需要 10 年以上的时间,平均耗费为 25 亿美元。最近几十年以来,科学家们一直在寻求通过现代计算技术来辅助新药发现的过程, 特别是人工智能和深度学习在这个领域得到了越来越多的关注。本报告汇报了我们在新药发现领域的两个工作:(1)我们提出了一个基于自回归流模型的分子图生成模型 GraphAF。实验结果表明,GraphAF可以生成真实、新颖、独特且多样的分子,而且所有生成的分子在化学意义上都 是合理的,在分子性质优化任务上也取得了最好的效果。(2)我们提出了可以预测分子逆合成路线的模型G2Gs。G2Gs不依赖任何反应模版并且也不依赖子图同构。它通过一系列图变换,将产物分子转换(或称为翻译)到反应物分子。实验结果表明,G2Gs的性能远优于不依赖反应模版的方法,它的性能与基于模版的方法相近,但是它不依赖领域知识和子图同构,且具有更好的可扩展性。

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Graph Representation Learning for Drug Discovery课程目录:

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Graph Representation Learning for Drug Discovery授课教师:

史晨策-First year master student at MILA-MILA-

First-year master student at MILA, 导师为唐建教授。主要研究方向为图表示学习,已在相关领域的国际会议如ICLR,ICML等发表论文。

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